Jaunųjų gamtininkų centras bendradarbiauja su Karališkąja gyvūnų globos draugija iš Didžiosios Britanijos, kuri, atsiunčia video bei mokomosios medžiagos apie gyvūnus vaikams, pateikia įvairių praktinių patarimų apie gyvūnų laikymo sąlygas, kviečia į seminarą mūsų pedagogus.

Taip pat bendradarbiaujame su:
Šiaulių miesto savivaldybės administracijos Aplinkos skyriumi, Šiaulių universitetu, Šiaulių miesto bendrojo lavinimo mokyklomis, darželiais, papildomojo ugdymo įstaigomis, Lietuvos Jaunųjų gamtininkų centru, Kuršėnų gamtininkų centru, Rygos zoologijos sodu, Kauno zoologijos sodu, Lietuvos žirgų augintojais, Kurtuvėnų regioninio parko jojimo paslaugų centru, Lietuvos kinologų draugijomis , Šiaulių miesto gyvūnų globos draugija ir kt.

Bendradarbiaujame ir su tėvais. Vieną kartą metuose kviečiame tėvus į visuotiną susirinkimą. Mokslo metų bėgyje būrelių mokytojai atskirai organizuoja susitikimus su tėvais, informuoja juos apie vykdomas išvykas, organizuojamus renginius, rengia bendrus tėvų - vaikų užsiėmimus, supažindina su vaikų pasiekimais. Sudaromos visos sąlygos, kad tėvai patogiu jiems laiku galėtų susipažinti su vaikų lankomų būrelių veikla, darbo sąlygomis.