Šiaulių jaunųjų gamtininkų centre dirbama pagal 3 neformaljojo vaikų švietimo programas:
1. Žirgininkų ugdymo programa (Žirgininkų, Žirginio sporto būreliai);
2. Zoologinio ugdymo programa (Felinologų, Zoologų, Naminių gyvūnėlių mylėtojų būreliai);
3.Gamtinio kūrybinio ugdymo programa (Floristikos, Fitodizaino, Ekomeno, Gamtos ir senųjų amatų, Eksperimentinio meno, Žvejų būreliai)
4. Saugios ir sveikos gyvensenos ugdymo programa (Sveikos gyvensenos, Gamtos ir buities būreliai).

Siekdami jaunųjų gamtininkų centro veikla sudominti kuo daugiau miesto moksleivių, organizuojame įvairius renginius: varžybas (miesto moksleivių meškeriojimo ir spiningavimo, žirgų konkūrų, kinologų), šventes, minėjimus (Pasaulinės gyvūnų globos dienos minėjimas, Medžio šventė, Paukščių sugrįžimo šventė.), parodas. Būrelių mokytojai organizuoja pažintines išvykas: į Kauno zoologijos sodą, Tado Ivanausko muziejų, Ventės ragą, Arklio muziejų, Aukštaitijos etnografinę sodybą, Burbiškių dvarą, Kauno botanikos sodą, Lietuvos Jaunųjų gamtininkų centrą ir kt. Taip pat organizuojamos išvykos į žirginio sporto, kinologų varžybas.

Siekiant ugdyti moksleivių aplinkosauginį mąstymą, ekologinę kultūrą, pedagogai ekologijos ir aplinkosaugos žinias integruoja į visų būrelių veiklos programas, rengia ir vykdo projektus.

2008 m. parengti ir įgyvendinti projektai:

- "Ekologinė abėcėlė".
Projektas apėmė 3 temas:
1. "Mįslė: aikštelėje stovi geltona, mėlyna, žalia, juoda dėžutės. Kas tai?"
2. "Europos ateitis - švarios gamtos namai".
3. "Kodėl verkia vanduo?".
Mokiniai mokėsi rūšiuoti atliekas, diskutavo apie gamtos saugojimo perspektyvas, atliko tyrimus apie vandenį bei tyrimų rezultatus pristatė JGC moksleivių konferencijoje.

- "Švaros misija Šiauliuose".
Suorganizuota jaunųjų "paparacių"  fotografijų paroda-konkursas "Šiukšlingiausios Šiaulių miesto ir apskrities vietos bei jų "dizaineriai", vykusi Šiaulių P.Višinskio viešojoje bibliotekoje. Surengta ekologinė-aplinkosauginė šventė-talka "Karas šiukšlėms ir šiukšlintojams", kurio metu švarinta Talkšos bei salduvės parkai, rūšiuotos atliekos, surengtas pleneras po atviru dangumi "Šiukšlių muziejus".

- "Gyvūnas yra vertas tiek, kiek jis dabar ir ateityje bus reikalingas žmogui".
Projekto tikslas - supažindinti miesto gyventojus su naminių/egzotinių ir laukinių gyvūnų priežiūros sanitariniais, higieniniais reikalavimais, mokyti juos globoti, teisingai prižiūrėti, skiepyti meilę gyvūnams.
Kinologų būrelio nariai su savo augintiniais dalyvavo neveislinių šunų parodoje, parodomuosiuose pasirodymuose Šiaulių miesto ugdymo įstaigose, vaikų ir jaunimo pramogų ir poilsio parke "Beržynėlis". Suorganizuotas Pasaulinės gyvūnų globos dienos minėjimas.